Per Boye Hansen arbeidet først som journalist i Oslo, studerte deretter teatervitenskap ved Universitetet i Oslo og tok diplomeksamen fra Staatliche Hochschule für Musik, Ruhr, ved linjen for musikkteaterregi.
Fra 1984 til 1989 var han ansatt som regiassistent ved operaen i Köln. I flere år arbeidet han som regiassistent under Festspillene i Salzburg.
I 1983 grunnla han Oslo Sommeropera, der han var kunstnerisk leder fram til 1992. I denne perioden satte han opp en rekke egne operaforestillinger. I 1990 grunnla han Oslo Arts Management AS som han var eier og leder for fram til 2000, da han ble engasjert som kunstnerisk direktør (og fra 2003 operadirektør) ved Komische Oper Berlin.
I 2005 ble han direktør for Festspillene i Bergen. Han var inntil nylig tilknyttet Komische Oper som kunstnerisk rådgiver og operaen i Zürich som rådgiver for langsiktig kunstnerisk planlegging.
Per Boye Hansen er leder av juryen for Ibsen International Award.
Fra 1. august 2012 vil Per Boye Hansen overta som operasjef for Den norske opera.