Til å begynne med hadde de tilhold i Wolfgang Langhoffs Deutsches Theater, men i 1954 flyttet de til Theater am Schiffbauerdamm hvor Tolvskillingsoperaen hadde sin urpremiere i 1928. Brecht døde i 1956, og Helene Weigel overtok ledelsen av ensemblet inntil hun gikk bort i 1971.
Selv om Brecht ikke spesifikt skrev stykker for Berliner Ensemble, satte de gjennom hele dramatikerens levetid utelukkende opp hans stykker. Først på 1970-tallet ble virksomheten utvidet, og i dag fremfører de et vidt spekter av eksperimentelt tyskspråklig teater. På 1990-tallet gjennomgikk kompaniet strukturelle endringer. Fra å være et statseid selskap ble de nå omgjort til en privat virksomhet, selv om de fremdeles mottok statlige midler. Også estetiske omveltninger fant sted. Unge regissører som B.K. Tragelehn og Einar Schleef samt scenedesigner Andreas Reinhardt stilte spørsmål ved den brechtske teaterformen og nye perspektiver ble introdusert.
I år 2000 ble Claus Peymann, tidligere posisjonert ved Burgtheater i Wien, tilsatt som ny leder for teateret. I likhet med Brecht er hans visjon for teatret å produsere politisk teater, men nå i en noe bredere form.